Le SAEN est organisé de la façon suivante :
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Assemblée générale
elle rassemble tous les membres au moins une fois par an lors de la Journée syndicale, le 1er mercredi de novembre -
Assemblée des délégués (législatif)
elle rassemble les délégués des groupements et sections au début de l'année scolaire -
Comité cantonal (exécutif)
il se réunit une fois par mois et suit attentivement l'évolution de tous les dossiers;
il rassemble une douzaine d'enseignants de tous types -
6 groupements
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cycle 1
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cycle 2
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cycle 3
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écoles secondaires 2 & 3
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écoles prof. & commerciales
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hautes écoles
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Sections (cercles scolaires)
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Commissions (permanentes ou non).